El examen se efectúa mediante la inspección y la palpación. Las partes que se deben identificar son: el vello pubiano, el pene, el glande, el meato uretral, el escroto, los testículos, los epidídimos y los cordones espermáticos.

El vello genital o pubiano tiende a ser abundante y en el hombre se continúa hacia el ombligo. Se pueden encontrar piojos (Phthirius pubis) o liendres (huevos de piojos) en personas poco aseadas.

En los pacientes no circuncidados es necesario retraer el prepucio para examinar el glande y el meato uretral.

Entre las alteraciones que se pueden encontrar en el pene, destacan las siguientes:

• Fimosis: consiste en la dificultad para descubrir el glande debido a un prepucio estrecho.
• Parafimosis: es la dificultad de deslizar el prepucio nuevamente hacia adelante después que se ha descubierto el glande, debido a que es estrecho; lo comprime y lo puede edematizar.
• Balanitis: es una inflamación del glande que ocurre sólo en hombres no circuncidados, frecuentemente con fimosis o diabéticos. Se debe a infecciones bacterianas o por hongos (Candida). Unabalanopostitis es una inflamación del glande y del prepucio.
• Hipospadias: es una condición con la que la persona nace en la que el meato uretral desemboca más abajo de lo normal, en una posición ventral.
• Ulceras: pueden ser de distinto tipo y naturaleza. Entre las úlceras que afectan el glande y el prepucio destaca el chancro sifilítico que es una úlcera ovalada o redonda, de bordes indurados, fondo liso, y que aparece unas dos semanas después de una exposición a la enfermedad.
• Herpes genital: son vesículas superficiales rodeadas de un halo eritematoso, muy dolorosas, que se deben a una infección por el virus herpes simple tipo 2.
• Condiloma acuminado o papilomas genitales: son lesiones como verrugas que se deben a infecciones virales.
• Molluscum contagiosum: son lesiones como pequeñas pápulas algo umbilicadas en el centro, que son de transmisión sexual, y se deben a infecciones por virus.
• Carcinoma del pene: es un cáncer habitualmente de tipo escamoso, que tiende a presentarse en hombres no circuncidados, poco preocupados de su higiene.
• Enfermedad de Peyronie: consiste en el desarrollo de bandas fibrosas en el dorso del pene, por debajo de la piel, que lo pueden deformar y provocar erecciones dolorosas.